MarkdownとreStructuredText (rst) を混ぜ書きしてrstを出力できるM2Rというツールを (1年ほど前に作っていたのですが今さら) 紹介します。 rstで出力するのでSphinx拡張としても使えます。 Markdownのテーブルや脚注にも対応しています。